真微書屋印學資料庫規劃的主要檔案結構有：印人檔、印章檔、邊款檔、印學著作檔、印學論文檔、印論片語檔及印人事蹟檔——

真微書屋印學資料庫主要檔案架構下，還有許多支援檔案，可補充主檔資料使更加豐富詳實。例如印人檔案下有支援印人之印人書法資料檔及印人繪畫資料檔，可補充對印人更深入的認識；也可由印學論文檔中產生與印人相關之論文檔，可輔助對印人更全面的了解；印章、邊款檔下支援有印材檔，可補充對該印章現階段藏處及印材現況作更深入的了解。印章、邊款檔下同時也支援有印章收錄檔，記錄了相同一方印章的收錄，分別取材的出處及其鈐拓狀況的比較。除了主檔架構下的個別支援檔案外，另有年代對照檔屬於全面性的支援，提供了任一檔案中公元年與中國朝代年號、干支或歲星陰陽紀年的對照，甚或日本、朝鮮等鄰國的年號對照也一應俱全。 而主檔中的印人檔同時也是全面性的支援檔案，無論在印章、邊款檔、印人事蹟檔或印學著作檔…中，只要檔案中有相關人名的記錄，皆可啟動印人檔中的資料加以支援。所以整個印學資料庫中的所有檔案，都是彼此相互密切關連的，可隨時掌握周全的資訊，也可免掉許多重複輸入的困擾，確實發揮資料庫電腦化所帶給我們的便利。

真微書屋印學資料庫的應用程式主要是透過 PARADOX 資料庫軟體設計而成的， 由最早的PARADOX1.0 , PARADOX7 到最近的 PARADOX 10； 其他文書或影像的資料則分別使用 MS/Word 、WordPro、PhotImpact 等應用軟體來處理。整個作業環境 由最早的MS/DOS, Window 95, Window 98, Window 2000 到最近的 Window XP , Window NT作業系統。